למרות שבארצות מרכז ומערב אירופה קיבלו היהודים שוויון זכויות מלא עד המחצית השניה של המאה ה19, במזרח אירופה, שנשלטה אז כולה על ידי רוסיה, המצב היה שונה לחלוטין. לאחר עלייתו של אלכסנדר השני ב1856 הוא החל להנחיל רפורמות ברוסיה, שכללו מערכת משפטית בלתי תלויה בשלטון וחופש הביטוי וההתארגנות. הרפורמות נגעו גם ביהודים והתירו להם חלק מהסנקציות שניתנו להם. כך למשל הותר להם לצאת מתחום המושב (-תחום מוגדר במזרח אירופה שבו הותר ליהודים לגור וממנו נאסר לצאת), ולבעלי מלאכות מסויימות ולעשירים היה אפשר אפילו לרכוש קרקעות מחוץ לתחום המושב, ללכת לאוניברסיטאות וכד'. אולם החל מאמצע שנות השישים אלכסנדר שינה את מדיניותו וחזר להקשיח עם היהודים. ב1881 הצאר נרצח, והואשמו בזה היהודים. ב27 באפריל 1881 החל גל פרעות נגד היהודים, שקרוי עתה "סופות בנגב".רוסיה בתגובה הודיעה כי כל הרוצה לצאת מהארץ רשאי לעשות כן. החל גל הגירה המוני מרוסיה. רוב ההגירה היתה לארצות הברית, אך היו גם שעלו לרוסיה. במקומות מסויימים קמו אגודות מקומיות שעזרו לתושבי המקום להגר לישראל ולהקים שם מושבה יהודית. תוך שנה קמו 12 אגודות כאלה, ולקראת 1884 היו כבר 60 אגודות מקומיות. במסגרתם הוקמו מושבות העלייה הראשונה- ראשון לציון, ראש פינה, גדרה, זכרון יעקב, עקרון, יסוד המעלה ופתח תקווה. אולם, ב1883 רוסיה סגרה את שעריה ושוב אסרה יציאה מהארץ. בנוסף החלו להגיע השמועות על קשיי הקליטה בארץ והייחס העויין שמקבלים שם מהממשלה העות'מאנית. כדי להתגבר על הקשיים החל לעלות הרעיון לאחד את האגודות המקומיות לגוף גדול עם מנהיגות חזקה. פינסקר וליילינבלום אירגנו וועידה שמטרתה לאחד את האגודות. ב1884 התכנסה הוועידה בקטוביץ' והוחלט על איחודם לאגודה אחת- אגודת חובבי ציון. כיושב הראש התקבל יהודה לייב פינסקר. אמנם פינסקר היה חולה, וסבל ממחלת לב, בנוסף היה חוסר אירגון באסיפת הכספים וחוסר תיאום בין האגודות השונות והמרכז. השלטונות העות'מאניים המשיכו להתנגד לעלייה והממשלה הרוסית לא הסכימה לאשר את התנועה (בתקופה זו היה אסור להשתתף בשום ארגון שלא אושר על ידי הממשלה). כל אלה הערימו קשיים על פינסקר, וב1887 בוא ביקש להיתפטר מתפקידו. באותה שנה הוקמה וועידה בדרוזגניק. התעורר וויכוח בין המשכילים והדתיים. המשכילים לא רצו שההנהגה תהיה בידי הדתיים, והדתיים הטילו את אשמת מחדל התנועה בזה שפינסקר היה משכיל. כפשרה התקבל שפינסקר יישאר בכהונתו, ואליו יצטרפו ששה גבאים- 3 משכילים ו-3 דתיים. הדבר לא פתר את בעיית התנועה, ובסופו של דבר, ב1889, פינסקר התפטר מתפקידו. שוב הוקמה וועדה, הפעם בוילנה, והוחלט להחליף את המנהיגות בשלושה אנשים- גרינברג, איש עסקים משכיל, ושני דתיים- הרב שמואל מוהילבר ויוסף פין. למעשה האחרונים היו אלה שהניהיגו את התנועה בפועל מעתה. ב1890 הממשלה הרוסית התירה לבסוף אירגון ל"חברה לתמיכת בני ישראל עובדי אדמה ובעלי מלאכה בסוריה ובארץ ישראל", שנודעה בשם "הוועד האודיסאי". ליושב ראש הוועד הוכרז שוב פינסקר. בעקבות ההכרה בתנועה, יחד עם גל פרעות חדש ששיאו הגיעה לגירוש יהודי מוסקבה ב1891, החל גל הגירה נוסף, ושוב חלקם היגרו לארץ ישראל. בעלייה זו (עליית תר"ן תרנ"א) הוקמו המושבות רחובות חדרה ועין זיתים. בסופו של דבר שום דבר לא עזר לאגודה לעבוד ביעילות, והאגודה קפאה על שמריה והסתפקה במתן עזרה כלכלית מועטה למושבות הקיימות. יותר ויותר התקבל הרעיון של אשר צבי גינצברג -"אחד העם"- להשקיע בתעמולה כדי לעורר את העם היהודי לתחייה לאומית. דבר זה נראה הרבה יותר מעשי מהקמת מושבות, שכאמור נחלו כישלון. לסיכום אגודת חיבת ציון נחלה כישלון בחלק המעשי של הקמת המושבות, אך היא הקימה קרקע מוצקה של הכרה בבעיית היהודים ורעיון הפתרון הלאומי בשביל התנועה הציונית, שתהיה עתידה לקום ב1897.